Mudanças entre as edições de "Dataverse:Instalação"

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(23 revisões intermediárias pelo mesmo usuário não estão sendo mostradas)
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<h1>Pre-requisitos</h1>
+
= Instalação do Dataverse =
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 +
A instalação do Dataverse pode ser feito de duas maneiras, uma pelo arquivo pré-copilado dvinstall.zip e outra pelo código fonte.
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Para cada versão do Dataverse têm arquivos (scripts em Python) que facilitam a configuração.
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Antes de instalar o Dataverse é importante definir o Identificador persistente HANDLE ou DOI.
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A documentação para instalação do Dataverse está disponível em inglês em [[https://guides.dataverse.org/en/latest/installation/index.html https://guides.dataverse.org/en/latest/installation/index.html]]
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Checklist para testes do Dataverse
 +
* Configuração de memória
 +
* Enviar e-mail
 +
* Registro de DOI
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** Checkar configurações
 +
** [https://doi.test.datacite.org/ Datacite Fabrica Teste]
 +
** [https://doi.datacite.org/repositories/gdcc.rnp Datacote Fabrica]
 +
* Registro de Handle
 +
** [https://www.handle.net/index.html Handle.net]
 +
* Arquivo Zipados
 +
 
 +
== Instalações de Dataverse ==
 +
 
 +
Visualize as instalações de referência do [[Dataverse:Instalações pelo mundo]]
 +
 
 +
== Instalações ==
 +
=== UBUNTU 20.04 ===
 +
 
 +
=Pre-requisitos=
 
Ainda como superusuário
 
Ainda como superusuário
  
 
  apt-get update
 
  apt-get update
 
  apt-get upgrade
 
  apt-get upgrade
  apt-get install unzip
+
  E
  apt-get install openjdk-8-jdk
+
  apt-get install openjdk-11-jdk
 
  apt-get install lynx #navegador texto, testar o SOLR
 
  apt-get install lynx #navegador texto, testar o SOLR
 
  apt-get install postgresql postgresql-contrib
 
  apt-get install postgresql postgresql-contrib
 +
apt-get install apache2
 
  apt-get update
 
  apt-get update
  
 +
useradd dataverse -m
 +
 +
== Selecionar a versão do Java ==
 
  sudo update-alternatives --config java
 
  sudo update-alternatives --config java
  
Para melhor funcionamento escolha a versão 1.8
+
Para melhor funcionamento escolha a versão 11
  
 
Baixe o dvinstall.zip e o v4.11.tar.gz preferencialmente no diretório /tmp
 
Baixe o dvinstall.zip e o v4.11.tar.gz preferencialmente no diretório /tmp
  
  wget https://github.com/IQSS/dataverse/releases/download/v4.11/dvinstall.zip
+
Instalado
  wget https://github.com/IQSS/dataverse/archive/v4.11.tar.gz
+
  wget https://github.com/IQSS/dataverse/releases/download/v5.3/dvinstall.zip
 +
  unzip dvinstall.zip
  
<h1>Glassfish</h1>
+
Scripts utilitário
 +
wget https://github.com/IQSS/dataverse/archive/v5.3.tar.gz
 +
tar -xvf v5.3.tar.gz
  
wget http://dlc-cdn.sun.com/glassfish/4.1/release/glassfish-4.1.zip
+
=Payara 5=
unzip glassfish-4.1.zip
 
mv glassfish4 /usr/local
 
chown -R root:root /usr/local/glassfish4
 
chown glassfish /usr/local/glassfish4/glassfish/lib
 
chown -R glassfish:glassfish /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1
 
  
 +
wget https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/payara.fish/Payara+Downloads/5.2020.6/payara-5.2020.6.zip
 +
unzip payara-5.2020.6.zip
 +
mv payara5 /usr/local
 +
 +
Libera o acesso ao usuário dataverse
 +
chown -R root:root /usr/local/payara5
 +
chown -R dataverse:dataverse /usr/local/payara5/glassfish/lib
 +
chown -R dataverse:dataverse /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1
  
Uma vez que o glassfish esteja instalado, você vai precisar de uma versão mais atualizada da Weld Library (v2.2.10.SP1), para resolver um problema com a versão que vem com o glassfish 4.1 (veja https://github.com/IQSS/dataverse/issues/647 para mais detalhes).
+
Mude de -client to -server em <jvm-options>-client</jvm-options> se não tiver alterado.
  
  cd /usr/local/glassfish4/glassfish/modules
+
  nano /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml
rm weld-osgi-bundle.jar
 
wget http://central.maven.org/maven2/org/jboss/weld/weld-osgi-bundle/2.2.10.SP1/weld-osgi-bundle-2.2.10.SP1-glassfish4.jar
 
  
Mude de -client to -server em <jvm-options>-client</jvm-options>:
+
/usr/local/payara5/bin/asadmin start-domain
  
nano /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml
 
  
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain
 
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin osgi lb | grep 'Weld OSGi Bundle'
 
 
O arquivo certificado de autoridade (CA) do bundle de certificados do Glassfish contem certificados que expiraram em agosto de 2018, causando problemas com o login do ORCID.
 
A data de expiração era 22 de agosto de 2018, isso pode ser visto com o comando:
 
 
keytool -list -v -keystore /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/cacerts.jks
 
 
Sobrescreva o certificado CA do glassfish com o arquivo que veio com o java do sistema operacional e reinicie o Glassfish:
 
  
cp /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/security/cacerts /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/cacerts.jks
+
Crie os arquivos de Start e Stop
 
  /usr/local/glassfish4/bin/asadmin stop-domain
 
  /usr/local/glassfish4/bin/asadmin stop-domain
 
  /usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain
 
  /usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain
  
  
<h2>Iniciando o glassfish durante o Boot do sistema</h2>
+
== Iniciando o Payara durante o Boot do sistema ==
O script de instalação do dataverse vai iniciar o Glassfish se necessario, mas você pode preferir o seguinte script para rodar o Glassfish automaticamente durante o boot do sistema
+
cp /home/dataverse/dataverse-5.3/doc/sphinx-guides/source/_static/installation/files/etc/systemd/payara.service /etc/systemd/system
Use esse [[Glassfish init]] se for rodar o glassfish como root.
+
  systemctl daemon-reload
e coloque-o em /etc/init.d
+
  systemctl start payara.service
em seguida rode
+
  systemctl enable payrar.service
  update-rc.d nome do script defaults
 
  update-rc.d nome do script enable
 
para que o script seja rodado e ativado durante o boot
 
 
 
 
 
<h1>Postgresql</h1>
 
 
 
  pico /etc/postgresql/10/main/postgresql.conf
 
  
Alterar a linha
+
=Postgresql=
 +
[[Dataverse:Postgress]]
  
#listen_addresses = 'localhost'
+
=Solr=
    para
+
[[Dataverse:Solr]]
listen_addresses = '*' libera para todas as conexões
 
  
 
+
=jq=
<h1> Solr </h1>
 
 
 
Você não deve rodar o Solr como root. Crie um usuario chamado Solr um diretorio no qual instalar o mesmo.
 
 
 
useradd solr
 
mkdir /usr/local/solr
 
chown solr:solr /usr/local/solr
 
 
 
su - solr
 
cd /usr/local/solr
 
wget https://archive.apache.org/dist/lucene/solr/7.3.0/solr-7.3.0.tgz
 
tar xvzf solr-7.3.0.tgz
 
cd solr-7.3.0
 
cp -r server/solr/configsets/_default server/solr/collection1
 
 
 
 
 
Utilizando  o arquivo  "dvinstall.zip" baixado na etapa de pre-requisitos. extraia ele em /tmp se ainda não o tiver feito.  Então copie os arquivos nos seguintes diretórios.
 
 
 
cp /tmp/dvinstall/schema.xml /usr/local/solr/solr-7.3.0/server/solr/collection1/conf
 
cp /tmp/dvinstall/solrconfig.xml /usr/local/solr/solr-7.3.0/server/solr/collection1/conf
 
 
 
O Dataverse requer uma mudança no jetty.xml que vem junto com o Solr. Edite: /usr/local/solr/solr-7.3.0/server/etc/jetty.xml , aumentando requestHeaderSize de 8192 para 102400
 
 
 
O Solr vai avisar sobre precisar aumentar o numero de descritores de arquivos e processos maximos em um ambiente de produção mas ainda vai rodar com os padrões. O dataverse ja aumenta esses padrões para os niveis recomentados ao adicionar a linha ulimit -n 65000 ao script de inicialização, mas para maior eficiencia, coloque o seguinte no arquivo /etc/security/limits.conf:
 
 
 
solr soft nproc 65000
 
solr hard nproc 65000
 
solr soft nofile 65000
 
solr hard nofile 65000
 
root soft nproc 65000
 
root hard nproc 65000
 
root soft nofile 65000
 
root hard nofile 65000
 
 
 
 
 
baixe o [[solr init script]]
 
e assim como o do dataverse coloque-o em /etc/init.d e rode
 
 
 
update-rc.d nome do script defaults
 
update-rc.d nome do script enable
 
 
 
para que o script seja rodado e ativado durante o boot
 
 
 
 
 
<h1> jq </h1>
 
  
 
  cd /usr/bin
 
  cd /usr/bin
Linha 126: Linha 98:
 
  jq --version
 
  jq --version
  
<h1> ImagiMagick </h1>
+
=ImagiMagick=
  
  apt-get install install imagemagick
+
  apt-get install imagemagick
  
<h1> R </h1>
+
=R=
  
 
  sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
 
  sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
Linha 136: Linha 108:
 
  sudo apt update
 
  sudo apt update
 
  sudo apt install r-base
 
  sudo apt install r-base
  sudo apt install r-base-dev
+
  sudo apt install libdumbnet1 r-base-dev
 
  sudo -i R
 
  sudo -i R
 +
Dentro do R, instale os pacotes
 
  install.packages("R2HTML", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
 
  install.packages("R2HTML", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
 
  install.packages("rjson", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
 
  install.packages("rjson", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
Linha 144: Linha 117:
 
  install.packages("haven", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
 
  install.packages("haven", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
  
<h1> Rserve </h1>
+
=Rserve=
 +
 
 +
Dentro do diretório do /home/dataverse/
  
  cd <DATAVERSE SOURCE TREE>/scripts/r/rserve
+
  cd /home/dataverse/dataverse-5.3/scripts/r/rserve/
 
  ./rserve-setup.sh
 
  ./rserve-setup.sh
 +
Dentro da pastar de instalação do arquivo auxliar do Dataverse
  
Sendo que <DATAVERSE SOURCE TREE> é o diretorio extraido do arquivo v4.11.tar.gz baixado no inicio junto com os pré-requisitos
+
Usando o RSERVE como servico
  
 +
cp rserve.service /etc/systemd/system/.
 +
systemctl daemon-reload
 +
systemctl start rserve.service
 +
systemctl enable rserve.service
  
 +
Inclui os paramentos no Domian.xml
 +
nano /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml
  
 +
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.host=localhost</jvm-options>
 +
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.port=6311</jvm-options>
 +
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.user=rserve</jvm-options>
 +
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.password=rserve</jvm-options>
  
<h1> Dataverse </h1>
+
=Dataverse=
  
 
vá para a pasta que foi extraida de dvinstall.zip nos pré-requisitos e rode o script de instalação
 
vá para a pasta que foi extraida de dvinstall.zip nos pré-requisitos e rode o script de instalação

Edição atual tal como às 22h15min de 13 de agosto de 2021

Instalação do Dataverse

A instalação do Dataverse pode ser feito de duas maneiras, uma pelo arquivo pré-copilado dvinstall.zip e outra pelo código fonte. Para cada versão do Dataverse têm arquivos (scripts em Python) que facilitam a configuração.

Antes de instalar o Dataverse é importante definir o Identificador persistente HANDLE ou DOI.

A documentação para instalação do Dataverse está disponível em inglês em [https://guides.dataverse.org/en/latest/installation/index.html]

Checklist para testes do Dataverse

Instalações de Dataverse

Visualize as instalações de referência do Dataverse:Instalações pelo mundo

Instalações

UBUNTU 20.04

Pre-requisitos

Ainda como superusuário

apt-get update
apt-get upgrade
E
apt-get install openjdk-11-jdk
apt-get install lynx #navegador texto, testar o SOLR
apt-get install postgresql postgresql-contrib
apt-get install apache2
apt-get update
useradd dataverse -m

Selecionar a versão do Java

sudo update-alternatives --config java

Para melhor funcionamento escolha a versão 11

Baixe o dvinstall.zip e o v4.11.tar.gz preferencialmente no diretório /tmp

Instalado

wget https://github.com/IQSS/dataverse/releases/download/v5.3/dvinstall.zip
unzip dvinstall.zip

Scripts utilitário

wget https://github.com/IQSS/dataverse/archive/v5.3.tar.gz
tar -xvf v5.3.tar.gz

Payara 5

wget https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/payara.fish/Payara+Downloads/5.2020.6/payara-5.2020.6.zip
unzip payara-5.2020.6.zip
mv payara5 /usr/local

Libera o acesso ao usuário dataverse

chown -R root:root /usr/local/payara5
chown -R dataverse:dataverse /usr/local/payara5/glassfish/lib
chown -R dataverse:dataverse /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1

Mude de -client to -server em <jvm-options>-client</jvm-options> se não tiver alterado.

nano /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml
/usr/local/payara5/bin/asadmin start-domain


Crie os arquivos de Start e Stop

/usr/local/glassfish4/bin/asadmin stop-domain
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain


Iniciando o Payara durante o Boot do sistema

cp /home/dataverse/dataverse-5.3/doc/sphinx-guides/source/_static/installation/files/etc/systemd/payara.service /etc/systemd/system
systemctl daemon-reload
systemctl start payara.service
systemctl enable payrar.service

Postgresql

Dataverse:Postgress

Solr

Dataverse:Solr

jq

cd /usr/bin
wget http://stedolan.github.io/jq/download/linux64/jq
chmod +x jq
jq --version

ImagiMagick

apt-get install imagemagick

R

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt update
sudo apt install r-base
sudo apt install libdumbnet1 r-base-dev
sudo -i R

Dentro do R, instale os pacotes

install.packages("R2HTML", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("rjson", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("DescTools", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("Rserve", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("haven", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )

Rserve

Dentro do diretório do /home/dataverse/

cd /home/dataverse/dataverse-5.3/scripts/r/rserve/
./rserve-setup.sh

Dentro da pastar de instalação do arquivo auxliar do Dataverse

Usando o RSERVE como servico

cp rserve.service /etc/systemd/system/.
systemctl daemon-reload
systemctl start rserve.service
systemctl enable rserve.service

Inclui os paramentos no Domian.xml

nano /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.host=localhost</jvm-options>
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.port=6311</jvm-options>
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.user=rserve</jvm-options>
<jvm-options>-Ddataverse.rserve.password=rserve</jvm-options>

Dataverse

vá para a pasta que foi extraida de dvinstall.zip nos pré-requisitos e rode o script de instalação

./install

O script vai pedir algumas configurações. Eis os valores padrões de cada opção
Internet Address of your host: localhost
Glassfish Directory: /usr/local/glassfish4
Glassfish User: current user running the installer script
Administrator email address for this Dataverse: (none)
SMTP (mail) server to relay notification messages: localhost
Postgres Server Address: [127.0.0.1]
Postgres Server Port: 5432
Postgres ADMIN password: secret
Name of the Postgres Database: dvndb
Name of the Postgres User: dvnapp
Postgres user password: secret
Remote Solr indexing service: LOCAL
Rserve Server: localhost
Rserve Server Port: 6311
Rserve User Name: rserve
Rserve User Password: rserve
Administration Email address for the installation;


Use as seguintes credenciais para logar:

URL: http://localhost:8080 username: dataverseAdmin password: admin