Dataverse:Instalação

Pre-requisitos

Ainda como superusuário

apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install unzip
apt-get install openjdk-8-jdk
apt-get install lynx #navegador texto, testar o SOLR
apt-get install postgresql postgresql-contrib
apt-get update

useradd dataverse

Selecionar a versão do Java

sudo update-alternatives --config java

Para melhor funcionamento escolha a versão 1.8

Baixe o dvinstall.zip e o v4.11.tar.gz preferencialmente no diretório /tmp

wget https://github.com/IQSS/dataverse/releases/download/v5.3/dvinstall.zip
wget https://github.com/IQSS/dataverse/archive/v5.3.tar.gz

Payara 5

wget https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/payara.fish/Payara+Downloads/5.2020.6/payara-5.2020.6.zip
unzip payara-5.2020.6.zip
mv payara5 /usr/local

chown -R root:root /usr/local/payara5 
chown dataverse/usr/local/payara5/glassfish/lib
chown -R dataverse:dataverse /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1

Mude de -client to -server em <jvm-options>-client</jvm-options> se não tiver alterado.

nano /usr/local/payara5/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml

/usr/local/payara5/bin/asadmin start-domain

Crie os arquivos de Start e Stop

/usr/local/glassfish4/bin/asadmin stop-domain
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain

Iniciando o glassfish durante o Boot do sistema

O script de instalação do dataverse vai iniciar o Glassfish se necessario, mas você pode preferir o seguinte script para rodar o Glassfish automaticamente durante o boot do sistema Use esse Glassfish init se for rodar o glassfish como root. e coloque-o em /etc/init.d em seguida rode

update-rc.d nome do script defaults
update-rc.d nome do script enable

para que o script seja rodado e ativado durante o boot

Postgresql

apt install postgresql
pico /etc/postgresql/10/main/postgresql.conf 

Alterar a linha

#listen_addresses = 'localhost' 
    para 
listen_addresses = '*' libera para todas as conexões

nano /etc/postgresql/10/main/pg_hba.conf

Troque

host    all             all             127.0.0.1/32            md5

por

host    all             all             127.0.0.1/32            trust

Solr

Você não deve rodar o Solr como root. Crie um usuario chamado Solr um diretorio no qual instalar o mesmo.

useradd solr
mkdir /usr/local/solr
chown solr:solr /usr/local/solr

su - solr
cd /usr/local/solr
wget https://archive.apache.org/dist/lucene/solr/7.3.0/solr-7.3.0.tgz
tar xvzf solr-7.7.2.tgz
cd solr-7.7.2
cp -r server/solr/configsets/_default server/solr/collection1

Utilizando o arquivo "dvinstall.zip" baixado na etapa de pre-requisitos. extraia ele em /tmp se ainda não o tiver feito. Então copie os arquivos nos seguintes diretórios.

cp /home/dataverse/dvinstall/schema*.xml /usr/local/solr/solr-7.7.2/server/solr/collection1/conf
cp /home/dataverse/dvinstall/solrconfig.xml /usr/local/solr/solr-7.7.2/server/solr/collection1/conf

O Dataverse requer uma mudança no jetty.xml que vem junto com o Solr. Edite e aumentando requestHeaderSize de 8192 para 102400

nano /usr/local/solr/solr-7.7.2/server/etc/jetty.xml 

<Set name="requestHeaderSize"><Property name="solr.jetty.request.header.size" default="102400" /></Set>

O Solr vai avisar sobre precisar aumentar o numero de descritores de arquivos e processos maximos em um ambiente de produção mas ainda vai rodar com os padrões. O dataverse ja aumenta esses padrões para os niveis recomentados ao adicionar a linha ulimit -n 65000 ao script de inicialização, mas para maior eficiencia, coloque o seguinte no arquivo

nano /etc/security/limits.conf

solr soft nproc 65000
solr hard nproc 65000
solr soft nofile 65000
solr hard nofile 65000

Criar a coleção collection1 no Solr

echo "name=collection1" > /usr/local/solr/solr-7.7.2/server/solr/collection1/core.properties

Usando o Solr como servico

cp /tmp/solr.service /etc/systemd/system
systemctl daemon-reload
systemctl start solr.service
systemctl enable solr.service

para que o script seja rodado e ativado durante o boot

jq

cd /usr/bin
wget http://stedolan.github.io/jq/download/linux64/jq
chmod +x jq
jq --version

ImagiMagick

apt-get install imagemagick

R

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt update
sudo apt install r-base
sudo apt install libdumbnet1 r-base-dev
sudo -i R

Dentro do R, instale os pacotes

install.packages("R2HTML", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("rjson", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("DescTools", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("Rserve", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("haven", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )

Rserve

Dentro do diretório do /home/dataverse/

Dentro da pastar de instalação do arquivo auxliar do Dataverse

Usando o RSERVE como servico

cp rserve.service /etc/systemd/system
systemctl daemon-reload
systemctl start rserve.service
systemctl enable rserve.service

Sendo que <DATAVERSE SOURCE TREE> é o diretorio extraido do arquivo v5.3.tar.gz baixado no inicio junto com os pré-requisitos

Dataverse

vá para a pasta que foi extraida de dvinstall.zip nos pré-requisitos e rode o script de instalação

./install

O script vai pedir algumas configurações. Eis os valores padrões de cada opção
Internet Address of your host: localhost
Glassfish Directory: /usr/local/glassfish4
Glassfish User: current user running the installer script
Administrator email address for this Dataverse: (none)
SMTP (mail) server to relay notification messages: localhost
Postgres Server Address: [127.0.0.1]
Postgres Server Port: 5432
Postgres ADMIN password: secret
Name of the Postgres Database: dvndb
Name of the Postgres User: dvnapp
Postgres user password: secret
Remote Solr indexing service: LOCAL
Rserve Server: localhost
Rserve Server Port: 6311
Rserve User Name: rserve
Rserve User Password: rserve
Administration Email address for the installation;

Use as seguintes credenciais para logar:

URL: http://localhost:8080 username: dataverseAdmin password: admin