Dataverse:Instalação

Pre-requisitos

Ainda como superusuário

apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install unzip
apt-get install openjdk-8-jdk
apt-get install lynx #navegador texto, testar o SOLR
apt-get install postgresql postgresql-contrib
apt-get update

sudo update-alternatives --config java

Para melhor funcionamento escolha a versão 1.8

Baixe o dvinstall.zip e o v4.11.tar.gz preferencialmente no diretório /tmp

wget https://github.com/IQSS/dataverse/releases/download/v4.11/dvinstall.zip
wget https://github.com/IQSS/dataverse/archive/v4.11.tar.gz

Glassfish

wget http://dlc-cdn.sun.com/glassfish/4.1/release/glassfish-4.1.zip
unzip glassfish-4.1.zip
mv glassfish4 /usr/local
chown -R root:root /usr/local/glassfish4
chown glassfish /usr/local/glassfish4/glassfish/lib
chown -R glassfish:glassfish /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1

Uma vez que o glassfish esteja instalado, você vai precisar de uma versão mais atualizada da Weld Library (v2.2.10.SP1), para resolver um problema com a versão que vem com o glassfish 4.1 (veja https://github.com/IQSS/dataverse/issues/647 para mais detalhes).

cd /usr/local/glassfish4/glassfish/modules
rm weld-osgi-bundle.jar
wget http://central.maven.org/maven2/org/jboss/weld/weld-osgi-bundle/2.2.10.SP1/weld-osgi-bundle-2.2.10.SP1-glassfish4.jar

Mude de -client to -server em <jvm-options>-client</jvm-options>:

nano /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml

/usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin osgi lb | grep 'Weld OSGi Bundle'

O arquivo certificado de autoridade (CA) do bundle de certificados do Glassfish contem certificados que expiraram em agosto de 2018, causando problemas com o login do ORCID. A data de expiração era 22 de agosto de 2018, isso pode ser visto com o comando:

keytool -list -v -keystore /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/cacerts.jks

Sobrescreva o certificado CA do glassfish com o arquivo que veio com o java do sistema operacional e reinicie o Glassfish:

cp /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/security/cacerts /usr/local/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/cacerts.jks
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin stop-domain
/usr/local/glassfish4/bin/asadmin start-domain

Iniciando o glassfish durante o Boot do sistema

O script de instalação do dataverse vai iniciar o Glassfish se necessario, mas você pode preferir o seguinte script para rodar o Glassfish automaticamente durante o boot do sistema Use esse Glassfish init se for rodar o glassfish como root. e coloque-o em /etc/init.d em seguida rode

update-rc.d nome do script defaults
update-rc.d nome do script enable

para que o script seja rodado e ativado durante o boot

Postgresql

pico /etc/postgresql/10/main/postgresql.conf 

Alterar a linha

#listen_addresses = 'localhost' 
    para 
listen_addresses = '*' libera para todas as conexões

Solr

Você não deve rodar o Solr como root. Crie um usuario chamado Solr um diretorio no qual instalar o mesmo.

useradd solr
mkdir /usr/local/solr
chown solr:solr /usr/local/solr

su - solr
cd /usr/local/solr
wget https://archive.apache.org/dist/lucene/solr/7.3.0/solr-7.3.0.tgz
tar xvzf solr-7.3.0.tgz
cd solr-7.3.0
cp -r server/solr/configsets/_default server/solr/collection1

Utilizando  o arquivo  "dvinstall.zip" baixado na etapa de pre-requisitos. extraia ele em /tmp se ainda não o tiver feito.  Então copie os arquivos nos seguintes diretórios.

cp /tmp/dvinstall/schema.xml /usr/local/solr/solr-7.3.0/server/solr/collection1/conf
cp /tmp/dvinstall/solrconfig.xml /usr/local/solr/solr-7.3.0/server/solr/collection1/conf

O Dataverse requer uma mudança no jetty.xml que vem junto com o Solr. Edite: /usr/local/solr/solr-7.3.0/server/etc/jetty.xml , aumentando requestHeaderSize de 8192 para 102400

O Solr vai avisar sobre precisar aumentar o numero de descritores de arquivos e processos maximos em um ambiente de produção mas ainda vai rodar com os padrões. O dataverse ja aumenta esses padrões para os niveis recomentados ao adicionar a linha ulimit -n 65000 ao script de inicialização, mas para maior eficiencia, coloque o seguinte no arquivo /etc/security/limits.conf:

solr soft nproc 65000 solr hard nproc 65000 solr soft nofile 65000 solr hard nofile 65000 root soft nproc 65000 root hard nproc 65000 root soft nofile 65000 root hard nofile 65000

baixe o solr init script e assim como o do dataverse coloque-o em /etc/init.d e rode

update-rc.d nome do script defaults
update-rc.d nome do script enable

para que o script seja rodado e ativado durante o boot

jq

cd /usr/bin
wget http://stedolan.github.io/jq/download/linux64/jq
chmod +x jq
jq --version

ImagiMagick

apt-get install install imagemagick

R

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt update
sudo apt install r-base
sudo apt install r-base-dev
sudo -i R
install.packages("R2HTML", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("rjson", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("DescTools", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("Rserve", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )
install.packages("haven", repos="https://cloud.r-project.org/", lib="/usr/lib64/R/library" )

Rserve

cd <DATAVERSE SOURCE TREE>/scripts/r/rserve
./rserve-setup.sh

Sendo que <DATAVERSE SOURCE TREE> é o diretorio extraido do arquivo v4.11.tar.gz baixado no inicio junto com os pré-requisitos

Dataverse

vá para a pasta que foi extraida de dvinstall.zip nos pré-requisitos e rode o script de instalação

./install

O script vai pedir algumas configurações. Eis os valores padrões de cada opção
Internet Address of your host: localhost
Glassfish Directory: /usr/local/glassfish4
Glassfish User: current user running the installer script
Administrator email address for this Dataverse: (none)
SMTP (mail) server to relay notification messages: localhost
Postgres Server Address: [127.0.0.1]
Postgres Server Port: 5432
Postgres ADMIN password: secret
Name of the Postgres Database: dvndb
Name of the Postgres User: dvnapp
Postgres user password: secret
Remote Solr indexing service: LOCAL
Rserve Server: localhost
Rserve Server Port: 6311
Rserve User Name: rserve
Rserve User Password: rserve
Administration Email address for the installation;

Use as seguintes credenciais para logar:

URL: http://localhost:8080 username: dataverseAdmin password: admin